Optimización de la detección de SARS-CoV-2 mediante el análisis de muestras agrupadas

Mauricio Farfan, Juan Pablo Torres, Miguel O´Ryan, Mauricio Olivares, Pablo Gallardo, Jorge Lastra, Carolina Salas

Resumen


a escasez mundial de reactivos para la extracción de ácidos nucleicos y la detección molecular de SARS-CoV-2 requiere de nuevas estrategias de mayor rendimiento para el diagnóstico de casos sospechosos de COVID-19, especialmente en países que necesitan aumentar su capacidad diagnóstica. La detección de ácidos nucleicos en muestras agrupadas o pool testing se ha utilizado ampliamente como una estrategia costo-efectiva para el VIH, hepatitis B, hepatitis C e influenza. Adicionalmente, los protocolos que no requieren extracción de ARN aparecen como una opción para la detección de SARS-CoV-2. En este trabajo, presentamos los resultados de una estrategia detección de SARS-CoV-2 en muestras agrupadas, que incluye diferentes métodos de extracción de ARN que puede ser una estrategia atractiva para los países en desarrollo. La agrupación de 5 muestras mostró variaciones CT en el rango de 1,0 a 4,5 unidades, con una baja probabilidad de obtener falsos negativos, a diferencias de los resultados agregando muestras agrupadas directamente en la reacción de amplificación de SARS-CoV-2. En conclusión, la agrupación de muestras nasofaríngeas, demostró ser un método confiable y, por lo tanto, una alternativa para aumentar el rendimiento en el diagnóstico de COVID-19 para países en desarrollo.

Palabras clave


SARS-CoV-2; COVID-19; diagnóstico; muestras agrupadas; pool testing

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